1969年，毛主席了解到王恩茂的困境后，立即指示周恩来将王恩茂及其妻子骆岚接往北京。

同年4月，在毛主席的关注下，王恩茂作为正式代表参加了“九大”，并当选为中共第九届中央委员会候补委员。在此次大会期间，毛主席还亲自接见了王恩茂等人，显示了他对王恩茂在新疆工作成果的高度认可。

1949年，随着中国人民解放军第一野战军指令下达，解放军开始进军新疆。新疆作为中国最大的省份，资源丰富，战略重要。王恩茂作为当时第一野战军第二军政委，毫不犹豫地承担了这一重任，向新疆进军。

王恩茂激动地对部队官兵说：“我们的部队经历了红军时期的长征，也参与过抗战，我们如今正在进行的这次进军，就是我们的第三次长征。”他号召大家继续为新疆的解放与建设贡献力量。

当解放军到达哈密时，国民党溃军正在掠夺当地居民。王恩茂果断出击，成功镇压了叛乱，赢得了当地百姓的感激与支持。虽然部队准备继续前进，但百姓希望解放军能够留下来。在此，王恩茂对百姓说：“前面还有更多需要解救的人们等着我们。”

解放军继续执行任务，并在王恩茂的指挥下，成功击败了国民党特务。尽管困难重重，解放军面临着粮食严重短缺的问题。为了解决这一问题，王恩茂等人决定开展开荒大生产运动。1950年，部队发布了号召军人全员参与农业生产的命令，解放军官兵在荒原上辛勤劳作，誓言改变这片贫瘠的土地。

尽管环境艰苦，王恩茂仍坚持白天开荒，晚上走访百姓，进行社会调查。他将所获得的数据整理成《新疆社会调查》一书，并指出新疆土地改革的迫切性。王恩茂推行的土改和减租措施虽然艰难，但最终为贫苦农民带来了希望。

1952年，王恩茂被任命为新疆的负责人。在他的领导下，新疆的农业和经济得到了显著发展。王恩茂积极推动新疆石油工业的起步，并参与克拉玛依油田的建设和管理。

1972年，王恩茂调任安徽芜湖地委副书记。尽管他已经离开新疆多年，但新疆人民始终记得他。1973年，几位维吾尔族老人专程赶到芜湖，送来哈密瓜，表达对王恩茂的深厚情感。

1975年，王恩茂写信给毛主席，表达希望回到部队工作的愿望。毛主席收到信后，指示王恩茂立即返回军队工作。很快，王恩茂被分配到南京军区担任副政委，并于1977年进一步调任吉林省委工作。

1981年，王恩茂重返新疆，继续为新疆的稳定与发展贡献力量。他深入调查研究，解答民族问题，成功稳定了干部队伍，并继续推动新疆经济的发展。

在王恩茂的努力下，许多当时困扰新疆的问题得到了有效解决。王恩茂不仅为新疆的发展付出了巨大的心血，而且深深植根于这片土地上，始终为新疆人民奋斗。

1990年代，王恩茂即使退休，依然继续为新疆奉献。他的儿子王北会也深受王恩茂的影响，选择长期扎根新疆。王恩茂的家族几代人始终与新疆紧密相连，为这片土地做出了重要贡献。